Ликвидация зоны осуществляется путем отмены всех предоставляемых ее резидентам налоговых льгот. Проект закона Санкт-Петербурга о ликвидации зоны вносит на рассмотрение Законодательного Собрания Санкт-Петербурга губернатор Санкт-Петербурга.
Основанием для отмены налоговых льгот является систематическое и грубое нарушение в зоне законодательства Российской Федерации и законодательства Санкт-Петербурга, невыполнение задач и целей создания зоны или несоответствие ее деятельности жизненно важным интересам Российской Федерации и Санкт-Петербурга.